Ở phiên bản ProDesk 400 G4 MT, máy được trang bị sẵn chip TPM 2.0 bảo mật từ cấp độ phần cứng. Người dùng cũng có thể khóa cổng SATA, cổng USB, đặt mật khẩu máy từ BIOS. Tính năng HP BIOSphere Gen3 cũng cho phép bảo mật từ BIOS của máy, khi có người muốn tấn công BIOS chính thì bản sao lưu ở BIOS phụ sẽ lập tức được đồng bộ ngược. BIOSphere cũng có thể khắc phục các lỗi khởi động do BIOS gây ra.